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上海地区多重扩增高通量测序项目

更新时间:2025-08-25      点击次数:0

16s/18s/ITS微生物分类测序,项目介绍:环境微生物是自然界中分布建议广、种类建议多、数量比较大的生物类群,其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累,通用引物扩增结合高通量测序技术,可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长,平均可达10 kb以上。上海地区多重扩增高通量测序项目

对于细胞样品,送样量需达到 5 × 106(5乘10的6次方)数量级。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重悬,注意取样后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。强烈建议细胞样品先做细胞鉴定及支原体/衣原体污染之后,再送出来。对于血液样本,只接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠,可用EDTA或ACD抗凝剂,取血后以冰袋保存,切记不能使血液冻结,从取血之时开始计算,须在48小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本,则请提供从血液中提取的总RNA样本。备样要求详见B、RNA 样品。上海地区有参转录组高通量测序技术使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。

样本寄送时,请将填写完整的纸质版《高通量测序送样表》密封于塑料袋内,随样本一起寄出,纸质版的样本信息单用于样本接收人员在收到样本后及时并正确的保存并录入样本,如无纸质版的样本信息单可能会延误项目周期;样本管壁或管盖上标明的样本名称需要与《高通量测序送样表》里样本名称一致,这样可以避免我们收到样本后与您确认样本编号而耽误样本质检、提取实验;如有特殊情况,请在《高通量测序送样表》中注明;样品编号请避免使用中文、罗马数字、“-”以及特殊符号标示,避免分析的时候系统无法识别,导致分析无法完成;我们分析人员建议编号可以采用英文字母与阿拉伯数字结合的形式,字符比较好不要过长,避免绘制部分分析图的时候难以全部展示。

RNA样品:1.请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。比较好附上电泳胶图或者 Agilent Bioanalyzer 仪器检测数据等;2.对于普通转录组样品,请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品,样品请去蛋白并进行 DNase处理;一般情况下,普通转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280为 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;对于全长转录组测序样品(ISO-seq),请提供浓度大于200 ng/ul,总量大于5 μg的总RNA样品。样品请去蛋白并进行 DNase 处理;全长转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;特别申明:不能采用过柱离心的方法提取总RNA。

对于用RNA组织保存液寄送的样品,请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。请注意:1)样品浸入组织保存液之前,对于动物组织样品,须以建议快速度将样品剪切成厚度小于0.5cm的碎块;对于植物样品,须以建议快速度将样品剪切成厚度小于0.3cm的碎块。2)鼠肝、肾和脾等小organ样品和没有蜡质保护层的植物样品可不剪切直接放入保存液中保存,有蜡质保护层的植物样品需要先将蜡表皮破坏。3)确保将样品完全浸泡在保存液中,不让其粘贴在管壁和盖上。DNA样品请提供电泳胶图,浓度>20 ng/μl,总量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或冻干DNA,可冰袋运输,不超过3天。上海生工高通量测序高通量

寄送RNA样品请置于1.5 ml离心管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。上海地区多重扩增高通量测序项目

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